source: tol/doc/modeling/BSR/BSR_P2_S1_BysMcmc.lyx @ 740269e

#LyX 1.6.0 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
\lyxformat 345
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\textclass amsbook
\begin_preamble
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%\documentclass[spanish]{article}
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\author "" 
\author "" 
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\begin_body

\begin_layout Chapter
\begin_inset CommandInset label
LatexCommand label
name "cha:BysMcmc"

\end_inset

BysMcmc
\end_layout

\begin_layout Standard
Se describen los miembros y métodos generales del NameBlock BysMcmc cuyo
 propósito es aglutinar todas las funcionalidades relacionadas con la inferencia
 bayesiana basada en métodos de simulación MCMC (MonteCarlo Markov Chain)
\end_layout

\begin_layout Section
Descripción
\end_layout

\begin_layout Standard
El fichero principal de este apartado es 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_bysMcmc.tol
\end_layout

\end_inset

, en el cual se define el 
\series bold
NameBlock BysMcmc
\series default
 que incluye métodos genéricos para el manejo de cadenas de Markov independiente
mente del método concreto utilizado para generarlas e incluso de la clase
 de modelos que se simulan.
 Se encarga de la definición de la parte común a todos los bloques de variables
 con sus correspondientes métodos de acceso y actualización, así como de
 la logística del proceso de llamadas al simulador concreto que se esté
 usando, el almacenamiento de la cadena en caché RAM y su escritura periódica
 en disco y sus correspondientes mensajes de estado de proceso.
 También incluye funciones de diagnosis sobre la convergencia de la cadena
 de Markov y de inferencia sobre la misma, pero sólo de aquellos métodos
 completamente genéricos, es decir, que son independientes de la clase de
 modelos concreta y de todo tipo de semántica asociada a las variables.
\end_layout

\begin_layout Standard
Por último, incluye el simulador la clase de modelos BSR y los de sus extensione
s, que por el momento son las únicas con soporte en BysMcmc, aunque en el
 futuro podrá haber otras clases de modelos estándar que cuelguen de aquí.
 Por supuesto que el analista puede crear su propio simulador para una clase
 concreta de modelos y llamar a los métodos de BysMcmc sin tener que incluirlo
 dentro de este NameBlock.
\end_layout

\begin_layout Section

\family typewriter
\begin_inset CommandInset label
LatexCommand label
name "sec:Opciones-del-sistema"

\end_inset

Opciones y configuración
\end_layout

\begin_layout Standard
El miembro 
\series bold
NameBlock Options
\series default
 centraliza todas las opciones de los valores que pueden adoptar los parámetros
 cualitativos de configuración de los distintos componentes de BysMcmc
\end_layout

\begin_layout Standard
\begin_inset listings
lstparams "basicstyle={\small\ttfamily},extendedchars=true"
inline false
status open

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Configuration default values over all BysMcmc related components
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  //Options used over all BysMcmc related components
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  NameBlock Options =
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  [[
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Scalar samplers draws a univariant distribution given the logarithm
 of
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //density function and a domain interval
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The API of a scalar sampler  is given by a function like this
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //  Real (Code logDens, Real x0, Real x1)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    NameBlock Scalar.Sampler = 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    [[
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

      Real Arms(Code logDens, Real x0, Real x1)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

      {
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

        ARMS(logDens, x0, x1)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

      };
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

      Real Slice(Code logDens, Real x0, Real x1)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

      {
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

        MatDat(SliceSampler1D(logDens, x0, x1),1,1)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

      }
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    ]]
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  ]];
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Standard
El miembro 
\series bold
NameBlock Config
\series default
 centraliza todos los parámetros de configuración de los distintos componentes
 de BysMcmc que contiene los valores por defecto de cada uno de los parámetros
 de configuración.
\end_layout

\begin_layout Standard
\begin_inset listings
lstparams "basicstyle={\small\ttfamily},extendedchars=true"
inline false
status open

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Configuration default values over all BysMcmc related components
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  Set _config =
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  [[
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  //MCMC dimensions
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The final number realizations that will remain after burnin
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real mcmc.sampleLength = 2000;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The frequency of simulation notifying and chain cache updating
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real mcmc.cacheLength = 100;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The number of first realizations that will be skiped at inference
 and 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //diagnostic time
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real mcmc.burnin = 100;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Only one of each this number of simulations will be selected for 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //inference and diagnostic
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real mcmc.thinning = 1; //thinningg
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Maximum of time in seconds dedicated to simulation
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Process will be stoped after mcmc.sampleLength + mcmc.burnin 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //simulations or mcmc.maxTime seconds will be elapsed
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real mcmc.maxTime = 1/0;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  //MLS step configuration
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Text mls.method  = Options::Mls.Method::None;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real mls.maxIter = 100;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real mls.tolerance = 0.01;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real mls.FunnelGibbs.sigmaFactor = 0.01;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  //Basic master configuration
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //If solution error is great than this value a warning will be shown
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real bsr.cholesky.epsilon = 1.E-13;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The notifying frequency of Cholesky warning
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real bsr.cholesky.warningFreq = 100;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The number of burnin realizations in Gibbs drawing of truncated 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //multinormal
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real bsr.truncMNormal.gibbsNumIter = 0;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Scalar sampler used in ARMA block of basic BSR can be a member of
 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //BysMcmc::Options::Scalar.Sampler or an API equivalent function
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Code bsr.scalarSampler.armaBlock = Options::Scalar.Sampler::Slice;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Scalar sampler used in ARMA block of basic BSR can be a member of
 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //BysMcmc::Options::Scalar.Sampler or an API equivalent function
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Code bsr.scalarSampler.nonLinBlock = Options::Scalar.Sampler::Slice;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Arima filter method
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Text bsr.arimaFilter = Options::Arima.Filter::FastChol;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  //CODA and other diagnostic report configuration
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The quantile to be estimated in Raftery test
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real report.raftery.diag.q = 0.025;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The desired margin of error of the estimate in Raftery test
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real report.raftery.diag.r = 0.007;  
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //The probability of obtaining an estimate in the interval (q-r,q+r)
 in 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Raftery test
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real report.raftery.diag.s = 0.950;  
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Precision required for estimate of time to convergence in Raftery
 test
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real report.raftery.diag.eps = 0.001;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Lag of AutoCorrelation Function 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real report.acf.lag= 20;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Number of divisions in histograms
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real report.histogram.parts = 100;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Number of divisions in kernel density aproximations
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real report.kerDens.points = 0;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  //Generic flags
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //If positive then is the number of existent realizations to be recovered
 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //from disk
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //If negative then is the number of last existent realization to be
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //skyped
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //If zero then no resuming will be made and a new Markov chain will
 be
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //generated
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real do.resume = 0;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Enables or disables CODA and other diagnostic reports
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real do.report = True;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Enables or disables in-sample evaluation of forecasting, filter, noise,
 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //residuals, ...
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real do.eval = True;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    //Enables or disables in-sample evaluation of individual linear effects
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

    Real do.linear.effects = True
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  ]];
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Standard
El método 
\series bold
GetCfgVal
\series default
 busca un parámetro en el NameBlock de configuración del usuario y, si no
 lo encuentra, devuelve esl valor por defecto definido en BysMcmc::Config
\end_layout

\begin_layout Standard
\begin_inset listings
lstparams "basicstyle={\small\ttfamily},extendedchars=true"
inline false
status open

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Searches a parameter in the user defined configuration NameBlock and,
 if
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//not exists returns default value of BsyMcmc::Config
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Anything GetCfgVal(NameBlock config, Text member)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

{
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  StdLib::GetConfigValue(config,member,Eval("BysMcmc::Config::"+member))
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

}
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Section

\family typewriter
\begin_inset CommandInset label
LatexCommand label
name "sub:Nameblock-BysMcmc::BuildCycler()"

\end_inset

Método NameBlock BysMcmc::BuildCycler()
\end_layout

\begin_layout Standard
En 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_build.tol
\end_layout

\end_inset

 se define este método fundamental de la clase usada para obtener el constructor
 y manejador de la cadena de Markov, el cual se ocupa de la logística de
 almacenamiento y trazado del proceso, de forma independiente del algoritmo
 de simulación, siendo el propio BSR un caso particular, el cual será el
 argumento principal (
\series bold
NameBlock modelSampler
\series default
) de este método, debiendo contener la siguiente API obligatoria:
\end_layout

\begin_layout Standard
\begin_inset listings
lstparams "basicstyle={\small\ttfamily},extendedchars=true"
inline false
status open

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Identificador del modelo
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Text get.name (Real unused)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Identificador de la sesión de trabajo
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Text get.session (Real unused)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Camino donde se almacena la cadena de Markov en formato binario BBM
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Text get.path (Real unused)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Nombres de los parámetros de la cadena de Markov
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Set get.colNames (Real unused)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Simula una realización de la cadena de Markov
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Matrix draw (Real numSim)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Evalúa los componentes (filtro, ruido, residuos, previsión, ...) de cada
 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//segmento de la regresión para un vector concreto de parámetros.
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Este método no es necesario para la simulación pero sí es recomendable
 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//para su posterior diagnosis e inferencia.
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Set eval(Matrix values) 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Standard
El argumento del método es 
\series bold
NameBlock config
\series default
 centraliza todos los parámetros de configuración de los distintos componentes,
 es decir, los de BysMcmc::Config vistos en la sección anterior.
 Sólo es preciso incluir aquellos que se quieran cambiar, aunque no hay
 ningún problema en explicitar los valores por defecto.
 Usualmente se deseará modificar al menos los parámetros de configuración
 de la longitud de la cadena, por ejemplo así 
\begin_inset listings
lstparams "basicstyle={\small\ttfamily},extendedchars=true"
inline false
status open

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

NameBlock my_config =
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

[[
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  Real mcmc.burnin        =  500;
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

  Real mcmc.sampleLength  = 5000
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

]];
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Standard
El último argumento del método es 
\series bold
NameBlock notifier
\series default
, el cual se utiliza como canal especializado de notificaciones de eventos
 relacionados con la, como puede ser una base de datos (Ver 
\series bold
NameBlock dbNotifier
\series default
 en la función 
\series bold
BysMcmc::Bsr::DynHlm::DBApi::Estim
\series default
 de 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/bsr/dynhlm/_db_api.estim.tol
\end_layout

\end_inset

) , una barra de progreso en una interfaz gráfica, o cualquier otro sistema
 especializado que cumpla la API obligatoria:
\end_layout

\begin_layout Standard
\begin_inset listings
lstparams "basicstyle={\small\ttfamily},extendedchars=true"
inline false
status open

\begin_layout Plain Layout

//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Notifica la inicialización de la cadena de Markov, 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//informando del número de variables y el path de almacenamiento
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Real initializing(Real numVar, Text path)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//Notifica que se está simulando la realización 
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

//numSim de la cadena de Markov
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

Real simulating(Real numSim)
\end_layout

\begin_layout Plain Layout

///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
\end_layout

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Standard
El NameBlock devuelto por 
\family typewriter
\series bold
BysMcmc::BuildCycler
\family default
\series default
 cuenta con una serie de métodos y miembros que permiten crear y manejar
 con comodidad las cadenas de Markov.
\end_layout

\begin_layout Standard
El método 
\series bold
Real generate(Real sampleLength)
\series default
 genera la cadena de Markov y la almacena temporalmente en una matriz en
 memoria que se irá añadiendo, con llamadas a la función built-in 
\series bold
MatAppendFile,
\series default
 al fichero binario permanente cada cierto número de simulaciones dado por
 el valor del campo 
\series bold
Real cacheLength_
\series default
, cuyo valor por defecto es 100 pero que el usuario puede cambiar a su antojo.
 Este campo también define la frecuencia con que ocurren las notificaciones
 de la simulación en curso.
 Normalmente el número de simulaciones que se le pasará será 
\series bold
mcmc.burnin+mcmc.sampleLength*mcmc.thinning
\series default
.
 Si se supera el tiempo máximo 
\series bold
mcmc.maxTime
\series default
, entonces se finalizará la simulación aunque no se hayan realizado todas
 las muestras requeridas.
\end_layout

\begin_layout Standard
Mediante el miembro 
\series bold
Real resume_=config::do.resume
\series default
, que por defecto está deshabilitado, es posible especificar que se reutilicen
 total o parcialmente las realizaciones de una cadena de Markov previamente
 simulada y almacenada en disco, en un archivo con el mismo camino actual,
 para no perder el trabajo realizado tras cualquier circunstancia que aborte
 la simulación.
 Si es positivo se utilizarán las especificadas o bien las exietntes si
 hay menos.
 Si es negativo se eliminarán las últimas almacenadas utilizando sólo las
 restantes.
 Si es cero no se reutiliza nada y se comienza una nueva cadena de Markov.
\end_layout

\begin_layout Standard
El método 
\series bold
Matrix loadMcmc(Real burnin, Real length, Real thinin)
\series default
 recarga un total de 
\series bold
length
\series default
 simulaciones de una cadena de Markov previamente almacenada descartando
 las 
\series bold
burnin
\series default
 primeras simulaciones y extrayendo del resto una de cada 
\series bold
thinin
\series default
.
 Esto permite hacer inferencia con diferentes submuestras para contrastar
 los resultados.
\end_layout

\begin_layout Standard
El método 
\series bold
Set report(Real burnin, Real length, Real thinin)
\series default
 devuelve un informe de diagnosis e inferencia básica (ver 
\begin_inset CommandInset ref
LatexCommand ref
reference "sub:BysMcmc::Inference"

\end_inset

) sobre la subcadena construida según se indica en el párrafo anterior.
 El miembro 
\series bold
bysInf_
\series default
 permite modificar la configuración de dicho informe y tiene la estructura
 
\series bold
BysInf.Report.Config
\series default
 que se puede ver en 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_structs.tol
\end_layout

\end_inset

 y que se comentarán más adelante en
\begin_inset CommandInset ref
LatexCommand ref
reference "sub:BysMcmc::Inference"

\end_inset

.
\end_layout

\begin_layout Standard
Antes de comenzar a simular se almacena en un fichero 
\series bold
*.recover.oza
\series default
 la información necesaria para poder hacer informes parciales de la cadena
 MCMC sin necesidad de esperar a que acabe la simulación.
 Este fichero se recarga con el método 
\series bold
BysMcmc::Get.Recover
\series default
 o bien se puee llamar directamente a 
\series bold
BysMcmc::RecoveAndReport
\series default
 para que lo recupere y lance el informe con 
\series bold
report
\series default
.
\end_layout

\begin_layout Section

\family typewriter
\begin_inset CommandInset label
LatexCommand label
name "sub:Nameblock-BysMcmc::DefineBlock()"

\end_inset

Método NameBlock BysMcmc::DefineBlock()
\end_layout

\begin_layout Standard
En 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_defineBlock.tol
\end_layout

\end_inset

 se define este método que crea el manejador de la información común a cada
 bloque de variables de una MCMC, como el conjunto indexado de los nombres
 de los parámetros, que deben ser únicos, para poder acceder por nombre
 a los mismos; una matriz para almacenar los valores en curso de los parámetros;
 las posiciones de ubicación de los mismos dentro de la cadena MCMC completa;
 un flag para habilitar o deshabilitar el bloque, etc.
\end_layout

\begin_layout Standard
Se trata de un método de uso interno del sistema por lo que el usuario final
 no necesita acceder nunca a este miembro.
\end_layout

\begin_layout Standard
El programador de un nuevo simulador debería fijarse en cómo se usa en el
 caso de los bloques de BSR para crear sus propios bloques de simulación.
 
\end_layout

\begin_layout Section

\family typewriter
\begin_inset CommandInset label
LatexCommand label
name "sub:BysMcmc::_.cmsg"

\end_inset

Miembro BysMcmc::_.cmsg
\end_layout

\begin_layout Standard
En el fichero 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_cmsgs.tol
\end_layout

\end_inset

 se define este miembro que incluye los mensajes de error empleados por
 los métodos propios y los de los NameBlock hijos que lo precisen.
 Es de uso interno del sistema por lo que el usuario no necesita acceder
 nunca a este miembro.
 Se hace uso del paquete 
\series bold
CMsg::Coded
\series default
 implementado en 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/general/system/cmsg/_c
oded.tol
\end_layout

\end_inset

.
 Los mensajes codificados como 
\series bold

\begin_inset Quotes eld
\end_inset

Stop
\begin_inset Quotes erd
\end_inset


\series default
 se entienden como errores irrecuperables del proceso de compilación TOL
 que se estuviera llevando a cabo, y provocarán la parada inmediata del
 mismo mediante la orden 
\series bold
Real Stop
\series default
, para no perder más tiempo, pues ya es seguro que no se va a llegar a ninguna
 parte, e incluso es posible que de esta forma se proteja al ejecutable
 de una caída incontrolada.
\end_layout

\begin_layout Section

\family typewriter
\begin_inset CommandInset label
LatexCommand label
name "sub:BysMcmc::Inference"

\end_inset

Método BysMcmc::Inference
\end_layout

\begin_layout Standard
En 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_inference.tol
\end_layout

\end_inset

 se define este miembro que incluye los métodos para la diagnosis e inferencia
 bayesianas a partir de cadenas de Markov previamente simuladas definidos
 en el fichero 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_inference_functions.tol
\end_layout

\end_inset

.
 Todos los métodos se llaman internamente salvo el método 
\series bold
report,
\series default
 que les llama al resto y es a su vez llamado por el estimador al final
 de la simulación, y el 
\series bold
compare.reports
\series default
 que puede ser usado manualmente por el analista para comparar los informes
 de dos cadenas de simulaciones sobre el mismo modelo con los mismos parámetros.
 El contenido de un informe devuelto por 
\series bold
report
\series default
 es el siguiente
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Text name
\series default
: Identificador del modelo
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set colNames
\series default
: Nombres de las variables de la cadena de Markov
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set repCfg
\series default
: Parámetros de configuración usados
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Matrix mcmc
\series default
: la cadena de Markov en la que cada fila es una simulación concreta y cada
 columna se refiere al parámetro de la misma posición en colNames
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set sample
\series default
: conjunto de matrices columna extraídas de la anterior para facilitar la
 visualización gráfica de la cadena de Markov de cada variable.
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set coda.raftery.diag
\series default
: Una tabla con una fila para el resultado del test de Raftery de CODA 
\begin_inset CommandInset citation
LatexCommand cite
key "CODA-Convergence-diagnosis-output-analysis"

\end_inset

 de cada variable con la estructura 
\series bold
BysInf.Coda.Diag.Raftery
\series default
 que se puede ver en 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_structs.tol
\end_layout

\end_inset

.
 Los campos del miembro 
\series bold
bysInf_
\series default
 que comienzan por 
\series bold
raftery.diag.

\series default
 afectan al test de Raftery según se explica en la documentación de CODA.
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set coda.summary
\series default
: Una tabla con una fila para el resultado del sumario CODA 
\begin_inset CommandInset citation
LatexCommand cite
key "CODA-Convergence-diagnosis-output-analysis"

\end_inset

 de cada variable con la estructura 
\series bold
BysInf.Coda.Summary.Stats
\series default
 que se puede ver en 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/_structs.tol
\end_layout

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set acf
\series default
: Los 
\series bold
bysInf_->acf.lag_
\series default
 primeros términos de la función de autocorrelación observada de la cadena
 de Markov de cada parámetro
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set histogram
\series default
: Histograma de frecuencias de 
\series bold
bysInf_->histogram.parts_
\series default
 partes de la cadena de Markov de cada parámetro
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set acf
\series default
: Función de autocorrelación observada de la cadena de Markov de cada parámetro
\end_layout

\begin_layout Enumerate

\series bold
Set kerDens
\series default
: Aproximación kernel-density de la densidad de probabilidad de la cadena
 de Markov de cada parámetro.
 Por defecto está deshabilitada porque lleva bastante tiempo de cálculo
 y a menudo no se utiliza para nada.
 Si se desea analizar hay que cambiar 
\series bold
bysInf_->kerDens.points
\series default
 de 0 al número de puntos en los que se quiera evaluar la densidad aproximada,
 antes de llamar a 
\series bold
report
\series default
.
\end_layout

\begin_layout Standard
El metodo 
\series bold
loadAndReport
\series default
 permite recuperar de disco una cadena MCMC y efectuar el informe llamando
 a 
\series bold
report
\series default
 con ella.
\end_layout

\begin_layout Section

\family typewriter
\begin_inset CommandInset label
LatexCommand label
name "sub:BysMcmc::Bsr"

\end_inset

Miembro BysMcmc::Bsr
\end_layout

\begin_layout Standard
En 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/bsr/_bsr.tol
\end_layout

\end_inset

 se define este miembro que incluye el simulador específico de BSR que se
 ocupa de todo el manejo específico de la clase de modelos BSR y que consta
 a su vez de otros tres ficheros
\end_layout

\begin_layout Itemize
En 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/bsr/gibbs/_gibbs.tol
\end_layout

\end_inset

 se define el miembro 
\series bold
NameBlock BysMcmc::Bsr::Gibbs
\series default
 que incluye el simulador de Gibbs de BSR propiamente dicho que se explica
 en detalle en 
\begin_inset CommandInset ref
LatexCommand ref
reference "cha:BysMcmc::Bsr::Gibbs"

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Itemize
Otro componente fundamental de BSR es la API de definición de modelos en
 ficheros de datos ASCII con formato .bsr, el cual está implementado en la
 función built-in C++ de TOL Bsr.Parse que se describe en 
\begin_inset CommandInset ref
LatexCommand ref
reference "cha:El-formato-ASCII-BSR"

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Itemize
En 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/bsr/_import.tol
\end_layout

\end_inset

 se define el miembro 
\series bold
NameBlock BysMcmc::Bsr::Import
\series default
 que contiene la API genérica de definición de modelos de BSR cuya descripción
 se encuentra en 
\begin_inset CommandInset ref
LatexCommand ref
reference "cha:BysMcmc::Bsr::Import"

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Itemize
En 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/bsr/dynhlm/_dynhlm.tol
\end_layout

\end_inset

 se define el miembro 
\series bold
NameBlock BysMcmc::Bsr::DynHlm
\series default
 que contiene la API de definición de modelos de la clase restringida al
 caso jerárquico lineal HLM dinámico, en el sentido de que las observaciones
 ocurren en el tiempo.
 Para un estudio en profundidad de este tema ver 
\begin_inset CommandInset ref
LatexCommand ref
reference "cha:BysMcmc::Bsr::DynHlm"

\end_inset


\end_layout

\begin_layout Itemize
En 
\begin_inset Flex URL
status collapsed

\begin_layout Plain Layout

http://cvs.tol-project.org/viewcvs.cgi/*checkout*/tol/stdlib/math/stat/models/bayes
ian/bysMcmc/bsr/_oneNode.tol
\end_layout

\end_inset

 se define el miembro 
\series bold
NameBlock BysMcmc::Bsr::OneNode
\series default
 que contiene una API simplificada que construye directamente un BSR.ModelDef
 a partir de un NameBlock con una estructura bastante sencilla para el caso
 de un modelo BSR con un solo nodo observacional.
 En estos casos no se necesita crear un archivo BSR ASCII ni mucho menos
 almacenar información alguna en la base de datos.
 Contiene el método Estim para modelos BSR básicos con filtros no lineales
 opcionales y el método EstimProbit especializado para el caso del modelo
 binario Probit.
\end_layout

\end_body
\end_document